Category: наука

Category was added automatically. Read all entries about "наука".

Hawaii

Telling people what to do

С моего прошлого (закрытого) поста о работе, от нас ушло еще несколько человек! Ушла моя сотрудница, которая начинала вместе со мной, но в более старшей должности, и двое из трех ее подчиненных, т.е. из начального состава остались я и один парень. Сотрудница сказала что она рада что может себе позволить не оставаться из-за денег. Ну а я всем кто интересуется говорю что пока дом не купила никуда не уйду. :)

Проблема не только в нашей начальнице. Мы закончили разработку нашего продукта, получили разрешение на начало клинических испытаний и теперь надо налаживать производство. Это относительно скучная часть, хотя и важная. Я не знаю как другие люди справляются со скучной работой. А ведь есть те кто вообще на самом производстве, или на контроле качества, там просто делай что написано, одно и то же раз за разом... Я их вижу иногда, они молодые и веселые, и вроде не жалуются.

Как и ожидалось, мы наняли сотрудницу которая будет моей непосредственной начальницей. Но одновременно с этим мне тоже утвердили начать набирать свою подгруппу, и сейчас я провожу интервью на первую позицию. Наконец-то можно будет кому-то "говорить что делать", хаха. Как в мультике со свинкой Пеппой. Я до сих по привычке подчеркиваю научную часть работы, возможность ставить эксперименты и развивать технологию, и чуть ли не извиняюсь что будет много и рутинной работы. Пора уже менять установку.

Мой муж на своей последней армейской должности, оказывается, имел в подчинении 20 человек - 5 офицеров и 15 солдат. Никто из них не ставил научные эксперименты и вообще не делал ничего "интересного", их всех надо было мотивировать просто делать свою работу ради общего дела. Более того, их надо было мотивировать рисковать своей жизнью! Или ещё хуже, мотивировать на огромную ответственность, когда от их ошибок зависят жизни других. И. говорит что там почти все были хорошие ребята, проблем не было. Но да, у них были сложные задачи, иногда надо было уметь дать им понять что они справятся, и прочее. Я сказала что он себя растрачивает в своей лабе, в отличие от меня он настоящий лидер. Теперь он дает мне советы на тему как руководить людьми...
Hawaii

Вирусы "приспосабливаются" к нам или мы к ним?

Накатала ответ в изнакурнож, оставлю тут "чтобы не пропадал".

В связи с широко употребляемым сейчас утверждением, что микроорганизмы "приспосабливаются" к человеку и становятся менее летальными. Есть ли у эпидемиологов и врачей мнение, кто к кому приспосабливается: микробы к нам или мы к микробам? Отличаются ли микробы от ранее сохраненных культур ?
Я краем уха слышала, что сифилис при первом появлении был высоко и быстро летальным, а к началу 20го века стал умеренно неприятным, но не смертельным, даже без лечения. Опять же краем уха слышала, что смертельная "испанка" была вызвана вирусом обычного гриппа, которым мы каждый год болеем (да, я не эпидемиолог, хотя по нынешним временам это странно))))))
Не получается ли, что популяция человечества тут ведет себя как популяция бактерий в чашке петри при контакте с антибиотиком? Выживают только резистентные, они же и продолжают популяцию? Иными словами, мы все потомки тех, чей генотип устоял после испанки?


Я тоже читала про сифилис. Из современных патогенов, ВИЧ эволюционирует, исследования показывают что ранняя диагностика приводит к увеличению вирулентности, тогда как в странах где нет поголовного тестирования и лечения (в Африке), он наоборот ослабевает. В случае ВИЧ ясно что меняется вирус. Он должен размножаться ровно с той скоростью чтобы не убить хозяина до того как тот заразит другого. Но если применяют раннее лечение то наоборот, вирус станет размножаться быстрее (чем больше вируса тем больше шанс заразить).

Насчет того что вирус испанского гриппа приведший к эпидемии 1918-1919, якобы был не страшнее сегодняшнего гриппа, просто те кто тогда от него умерли не оставили потомства. В 2005 этот вирус восстановили из останков жертв и показали что он гораздо летальнее чем другие вирусы гриппа, благодаря комбинации генов. Есть теории что тот вирус "мог себе позволить" высокую вирулентность из-за скученности людей во время войны. Опять-таки это подтверждает эволюцию вирусов, не людей.
Hawaii

Лечение плазмой от коронавируса

Меня разозлила статья в Science где критикуют FDA и Трампа за одобрение лечения плазмой.
https://science.sciencemag.org/content/369/6507/1038

Их претензии:

1. Не было рандомизированных плацебо-контролируемых клинических испытаний. Серьезно?? Как можно давать плацебо тяжело больным с ковидом? Даже в онкологии, где больные не умирают так быстро, мы не используем плацебо!

2. Трамп заявил что смертность снизилась на 35% и это (как всегда у него) tremendous number. На деле, было одно исследование, там изучили 3000 случаев лечения плазмой, все были тяжело больные, все получили плазму переболевших ковидом, уровень антител в плазме на момент ее вливания был неизвестен, однако потом его узнали. Так вот из тех кто получил плазму с высоким уровнем антител, за неделю умерло 8.9%, а кто получил с низким - 13.7% (а со средним - где-то между). Т.е. на 100 больных, 35 хорошая плазма может спасти, да? Нет, якобы это "статистическая акробатика", и правильно говорить что плазма спасет 4.8 больных. По-моему бред.

3. И вообще мол снижение на 35% это мало. Тем более что за месяц результат стал хуже, умерло 22.3% получивших плазму с высокими антителами и 29.6% с низкими. Но они забывают, что они все получили плазму. Совсем без плазмы (или с настоящим плацебо - т.е. плазмой донора никогда не болевшего ковидом) возможно умер бы гораздо больший процент, т.к. там были только тяжело больные. И полученная разница, т.е. эффективность, была бы гораздо больше.

Они прямо в заголовок вынесли что решение одобрить плазму - не наука, а политика. Может я чего-то не понимаю, но по-моему именно эта критика это не наука а политика.
Hawaii

Кстати, насчет происхождения вируса

То что вирус искусственный, ученые положим опровергли. Но все равно кажется невероятным совпадением, что эпидемия началась именно в Ухани, где находится Институт Вирусологии и где изучают именно коронавирусы из летучих мышей (а что этот вирус произошел от летучих мышей сообщили почти сразу). Тем более что конкретно эти летучие мыши живут не в Ухани а за 1600 км от нее. Поэтому многие (я в том числе) решили что вирус скорее всего "утек" из лаборатории в результате нарушения техники безопасности. Но главная вирусолог Института тов. Ши Чженли заявила что у них этого вируса никогда не было (зато был, мол, другой, которому до этого 20 лет эволюции). Может и не было, я обеими руками за независимое расследование. Но. Разве не может быть такого, что кто-то из ученых заразился случайно во время экспедиции в пещеры? Они ездят туда периодически, собирая образцы жизнедеятельности мышей, а потом исследуют их в лаборатории (в группе Ши Чженли 15,000 образцов). По их же исследованиям, 3% жителей в районе пещер были заражены какими-либо коронавирусами летучих мышей!. Что само по себе интересно. Так вот, возможно вирус попал в Ухань из пещер с учеными-вирусологами.

В моей теории конечно нет элемента конспирации и даже преступной халатности аля Чернобыль (хотя Китай действительно поначалу напускал туман, просто на всякий случай). То что Китай преступное государство это не отменяет. Но с вирусом возможно действительно никто не виноват. А ученые, которых теперь обвиняют во всех грехах, всего-то изучали вирусы с тем чтобы лучше подготовиться к катастрофе, о которой они много раз предупреждали.

Hawaii

Антитела к Короне, или опять Сорренто

Сегодня передали в новостях, что Сорренто, моя предыдущая компания, разработала антитело которое на 100% блокирует Коронавирус. Я первым делом проверила цену акции. Как и следовало ожидать, она подскочила - с менее $2 до $6.75! Самое время продать наконец-то мои акции! Однажды, год назад, они уже подскочили было в цене почти до 6, а потом опять упали, и я очень жалела что не продала тогда. Тем более что моя приятельница оттуда постоянно пишет мне как там все плохо. :)) Значит надо продавать. А вдруг антитело действительно будет работать? Муж сказал что лучше не продавать, потому что все равно много я сейчас не заработаю.

Напомню что это не первое антитело против вируса, раннее о подобных антителах заявили в Голландии и Израиле. Но Сорренто специализируется на антителах, у них библиотека с бесконечными вариантами антител к чему угодно, и они подбирают антитела с нужной специфичностью и афинностью. У них же и возможности промышленного производства антител (хотя конечно не в масштабах пандемии). Предполагается что антитело будет блокировать вирус не давая проникнуть в клетку. Правда, антитела же вводят внутривенно, они находятся в крови, тогда как вирус в дыхательных путях, но наверное как-то оно все равно может работать? Буду следить с затаенным дыханием!.

Hawaii

О глобальном потеплении

Раз уж зашла речь. :) Недавно в Science вышла статья (и ее даже на NPR обсуждали): ученые провели расчеты и пришли к выводу что самое правильное решение это - "managed retreat", организованное отступление. Передислокация. Перестать селиться в зонах катаклизмов - затопления, лесных пожаров и т.п. Перенести населенные пункты целиком.

Отчасти это уже происходит, вынужденно. Прошлым летом в Калифорнии в лесном пожаре сгорел целый город, Парадаиз (27 тыс. населения, сейчас осталось 10%), поглибло 85 человек, 14 тыс. домов сгорело. Похоже его не будут отстраивать. Вряд ли страховые компании согласятся страховать там дома. Но надо не ждать катастрофы а переселяться из зоны опасности уже сейчас.

Среди ученых консенсус что человек влияет на климат, но можно ли остановить потепление и как - это другой вопрос. Еще 10 лет назад у ученых были сомнения что поставленные цели по замедлению потепления достижимы. Даже если вообще прекратить выбросы СО2 это мол мало поможет.
https://www.nature.com/articles/4581091a

А сейчас пишут что и тех мер что тогда были предложены недостаточно. И мол если ничего не изменится, мир потеплеет еще на 2 градуса к 2100.
https://stateimpact.npr.org/pennsylvania/2019/09/23/new-report-countries-must-triple-climate-emission-cut-targets-to-limit-global-heating-to-2-degrees-celsius/

Поэтому логично что правильный ответ на изменение климата это приспосабливаться, и передислокация часть этого. Может будут и позитивные стороны - появятся места где раньше было слишком холодно а теперь можно жить? Опреснение воды другая часть решения, и Израиль ее успешно реализует (а вот в Сирии гражданская война из-за засухи). Но правые не хотят вообще признавать серьезность проблемы (а некоторые и саму проблему), а левые не хотят признавать поражение, тем более что никакой идеологической выгоды от такого решения нет. В принципе пытаться сократить выбросы СО2 это хорошо по-любому. Должно улучшить качество воздуха и воды, уменьшить проблему пробок на дорогах... Но это не поможет с климатом.

Проблема что эта тема настолько политизирована что никто ничего не делает, все только истерят. Была статья в Натуре про то что это вовсе не факт что деревья снижают глобальное потепление. В некоторых случаях они даже ему способствуют, т.к. листья темные и поглощают свет. Так ученые которые опубликовали данные получили угрозы убийства. Короче как всегда, много политики и мало здравого смысла.

Вот еще хорошая статья.
"What If We Stopped Pretending? The climate apocalypse is coming. To prepare for it, we need to admit that we can’t prevent it."

Hawaii

Почему ученые так мало зарабатывают?

С одной стороны, я думаю мне несказанно повезло. Когда я пошла в биологию, у меня были самые расплывчатые представления о том кем я потом буду работать. Мне это просто было интересно. И вот, после долгих и нескучных лет занятий наукой за символические деньги, включая докторат и постдок, оказалось, что биологией можно (стало можно?) заниматься с реальной пользой человечеству а заодно и себе. Сначала появились биологические лекарства, а потом и клеточная терапия, и в итоге я занимаюсь почти тем же самым - ставлю эксперименты - в коммерческой компании, и выглядит моя лаборатория почти так же как обычная лаборатория в университете (бардака чуть меньше).

Но вот интересно. Если сравнивать с зарплатами в академии, в индустрии конечно лучше. Но даже в индустрии, люди которые занимаются собственно разработкой лекарств, зарабатывают довольно небольшие деньги относительно тех кто работает в той же компании но в отделе регуляции или патентов. Во всяком случае с PhD. Или вот есть какая-то новая вещь - проектный менеджер. У нас один израильтянин в компании переквалифицировался, я не могла понять зачем, а теперь кажется догадываюсь. И дело не только в деньгах. В занятии наукой в индустрии есть один минус - от тебя мало что зависит, ты даже не всегда видишь общую картину. Сначала надо дорасти до позиции начальника группы, а похоже это сложнее чем получить позицию профессора. Но и потом - тебе будут диктовать что делать из отдела регуляции...

Сегодня набралась смелости и поговорила с нашим CEO. Он пообещал меня повысить и заодно связал с нашим патентоведом (мужиком пенсионного возраста), типа чтоб я помогала ему с написанием патентов, а тот в свою очередь стал меня убеждать что патенты это куда лучше занятие чем собственно наука (он тоже PhD), он может меня научить. Вот как это, люди которые превращают научные или технологические открытия в интеллектуальную собственость, зарабатывают и котируются больше чем те кто делает сами открытия? И все-таки, боюсь это скучно для полной ставки. А пока я бегала и разговаривала, пытаясь в промежутке доделать начатые эксперименты, оказалось меня еще с утра ждал мейл из компании в которую я уже несколько раз посылала резюме. Посмотрим.

Кросс в ФБ. yelya там очень хорошо все объяснила.
Hawaii

Парадокс Пето, или Знаем ли мы что такое рак?

На той неделе у Аввы было обсуждение поста некой девушки-биолога, которая жаловалась что фундаментальная наука в загоне и как пример, мы совершенно не понимаем что такое рак и более того, в этом "не продвинулись ни на йоту." Почему она так решила?

   "Потому что мы элементарно не можем сделать клетку раковой в тарелке. Вам, как потребителю, это должно быть понятно. Человек, который разбирается в том, что такое рак, ну уж наверное может взять любую клетку человеческого тела и сделать ее раковой? А нихрена подобного. Мы это не можем. Потому что мы не понимаем, что такое рак."

Почему-то предполагается что "любую клетку человеческого тела" можно взять и окультурить в "тарелке" за нефиг делать. Типа технических проблем нет, есть только проблема с пониманием ракового процесса. Но это ладно. На самом деле и это сделали, просто автор видимо была не в курсе. Во-первых уже давно сделали рак из свежих фибробластов (знаете почему? потому что их легко выращивать!). Ей на это указали, но она это отвергла, т.к. рак из фибробластов редко бывает в природе. Но я ей дала цитаты (1, 2) на рак полученный из эпителия кишечника человека, потребовалось 4 мутации (но сначала потребовалось научиться выращивать кишечник человека в чашке - это сложная трехмерная система, я это делала на постдоке), она не ответила.

Но я не к тому. В комментах к своему посту она упомянула еще одну загадку темы рака - если рак это всего лишь комбинация накопленных мутаций, то почему и люди и мыши одинаково болеют раком к концу жизни, хотя мыши живут всего 2 года, а люди 80? Оказывается, это называется Peto's paradox - почему большие животные не болеют раком больше чем мелкие, тогда как у них гораздо больше клеток и клетки проходят больше делений (а значит должны накапливать больше мутаций). А ответ такой (не мой на самом деле). Большие животные потому и большие что научились противостоять раку. Те кто научился - стал большим. Другие остались мелкими.

А сейчас я закрывала табы на компе и взглянула еще раз на статью про те самые фибробласты - и обратила внимание что мышиным фибробластам нужно 2 мутации чтобы стать раковыми, а человеческим - все 6! Так может вот почему мыши заболевают раком в конце 2го года жизни (у человека медианный возраст - за 60)? Может в этом разгадка парадокса? В статье этот аспект не упоминается.
Hawaii

Песах и микробиом

После 5 дней Песаха в кошерной гостинице "все включено" где мы в основном ели мясо-рыбу и овощи, возникла идея научного проекта: проверить как меняется микрофлора кишечника до и после Песаха. В исследовании - его конечно удобнее провести в Израиле - будут несколько групп: контрольная (не соблюдают Песах), сефарды, ашкеназы и отдельно хабадники. Не надо специально сажать людей на диету, просто узнать какие у них на Песах традиции и взять анализ понятно-чего до и после праздника. Думаю, у всех будут пертурбации микробиома, вопрос только будут ли они сгруппированы по религиозной принадлежности. Цель исследования? Показать что изменения диеты приводят к изменению микробиома за 7 дней, узнать как влияет на нас маца, ну а дальше по результатам.

Для тех кто не в теме: в Песах евреи едят вместо хлеба и пирогов мацу (сделанную из муки и воды), те кто строго соблюдает не ест ничего из обычной муки, но многие едят блюда из мацы или мацовой муки, ашкеназы к тому же на всякий случай вообще не едят злаки (рис, кукурузу), а хабадники, как особо строго соблюдающие, не едят и блюда из мацы или даже не едят мацу за столом с другой едой, т.к. считается что если на мацу упадет хоть капля воды, это может сделать ее некашерной (соответственно мацу они тоже почти не едят). Мы были с хабадниками, что в общем в плане еды неплохо - это очень много самых разных овощей и можно быть уверенным что никакого глютена. Их религиозные убеждения это уже отдельная тема. :) Кажется, они делятся на тех кто верит что Любавический ребе - Мессия, и тех кто тоже в это верит но про себя. В целом, было душевно. Фотки из поездки (к счастью мы не все время были в гостинице) выложу отдельно, если получится.
Hawaii

Британские ученые установили: эффективность использования парашюта не имеет доказательной базы

Это старая но по-прежнему актуальная (и шедевральная!) статья в Британском Медицинском Журнале (BMJ) - для всех адептов доказательной медицины.

(Как раз вчера спорила с одним доктором в группе Изнакурнож, который утверждал что все "бабушкины средства" от простуды - чеснок, имбирь, витамин С - все это "миф". Мол, на все нужны двойные-слепые рандомизированные исследования с плацебо. Что интересно, оказывается такие исследования тоже имеются, но видимо он был не в курсе).

Так вот. Поскольку эффективность использования парашюта для предотвращения травм и смерти в результате свободного падения из самолета основывается исключительно на наблюдениях и анекдотических свидетельствах, авторы предприняли мета-обзор имеющихся рандомизированных контролируемых испытаний этого метода. Результаты: исследований соответствующих критериям не выявленно. Выводы: наиболее радикальные адепты доказательной медицины должны организовать и принять участие в двойном-слепом, рандомизированном, плацебо-контролируемом испытании парашюта.

Рис. 1.


Там еще хорошее "Обсуждение".
The widespread use of the parachute may just be another example of doctors' obsession with disease prevention and their misplaced belief in unproved technology to provide effective protection against occasional adverse events.
The parachute industry has earned billions of dollars for vast multinational corporations whose profits depend on belief in the efficacy of their product ...and it is unclear whether the results of industry sponsored trials are reliable.
Individuals who insist that all interventions need to be validated by a randomised controlled trial need to come down to earth with a bump

Короче, enjoy! :))